La biotecnología verde es la que compete al Centro Nacional de Referencia Fitosanitaria (CNRF) y su aplicación está dirigida al diseño de técnicas moleculares para identificar, caracterizar y diagnosticar plagas agrícolas que afectan la producción de alimentos en México.
En el CNRF los avances más importantes en la biotecnología agrícola se han realizado en el ámbito de la identificación de patógenos (Figura 2). Las enfermedades de plantas son difíciles de diagnosticar porque los síntomas pueden inducir a error o estar incluso totalmente ausentes hasta que se producen daños importantes. Pruebas de diagnóstico basadas en biotecnologías avanzadas permiten identificar a los agentes causantes de la enfermedad y vigilar con un alto nivel de precisión los efectos de los programas diseñados para combatirla.
La epidemiología molecular caracteriza los patógenos (viroides, virus, fitoplasmas, bacterias, hongos, nematodos, etc.) mediante la identificación y secuenciación de regiones nucleotídicas con lo cual es posible rastrear su origen por medio de una red haplotípica. Esto es especialmente importante en el caso de las enfermedades epidémicas, en las que la posibilidad de localizar la fuente de infección puede contribuir de manera significativa a mejorar la lucha contra ellas. El perfeccionamiento de sondas génicas brinda la oportunidad de realizar detecciones específicas de patógenos en semillas, plantas y frutos; lo que está aumentando considerablemente la eficacia de las medidas fitosanitarias establecidas en nuestro país.