El Laboratorio de Roedores y Aves centra sus funciones en la innovación, el desarrollo y la transferencia de nuevas tecnologías de manejo ecológicamente racional y rentable. Para ello, integra el diagnóstico fitosanitario que permite dirigir el impacto de las acciones de manejo sobre los roedores y aves con condición de plaga reconocida, sin afectar a otras especies. El diagnóstico de roedores se realiza por medio de morfometría corporal externa, análisis de la estructura craneal y estudios moleculares de DNA.

Además, tiene la responsabilidad de resguardar y preservar material biológico, tales como: pieles, tejido óseo, tejido muscular y órganos, que son testimonio documental de la biodiversidad, historia natural, taxonomía, evolución, distribución geográfica, relaciones filogenéticas, interacciones pretéritas, presentes y futuras entre las especies de roedores y aves que habitan en los ecosistemas agrícolas.