El Laboratorio de Micología realiza actividades de diagnóstico en muestras vegetales (granos, semillas, ornamentales, hortalizas y frutales) con la finalidad de detectar e identificar hongos fitopatógenos de importancia económica y cuarentenaria, evitando su ingreso o controlando su dispersión dentro del territorio nacional.

El proceso de diagnóstico, para la detección oportuna de enfermedades de origen fungoso, se lleva a cabo mediante el uso de técnicas artificiales (cámara húmeda y medios de cultivos sintéticos), que proporcionan las condiciones favorables al patógeno para que se desarrolle y pueda ser identificado. En su detección se aplican técnicas tradicionales como la observación morfológica de las estructuras de reproducción, mediante el uso de microscopios estereoscópicos y compuestos; así como técnicas moleculares, con el uso del termociclador y cámara de electroforesis.

Este proceso es complementado con la búsqueda en literatura y con la colección de referencia que tiene el laboratorio. En caso de ser necesaria una corroboración, la muestra se canaliza con expertos nacionales e internacionales de instituciones con las que se han realizado convenios de cooperación.