En el Laboratorio de Bacteriología se detectan y diagnostican los principales síntomas causados por bacterias en plantas, los cuales son: pudriciones, marchitez, cancros, tizones, manchas, clorosis, sobrecrecimientos (agallas y proliferación de raíces), fasciación, epinastia y deformaciones.

Este laboratorio cuenta con la capacidad técnica, el equipo y la tecnología adecuada para realizar el diagnóstico fitosanitario, con base a las siguientes actividades:

• Detección y diagnóstico de bacterias fitopatógenas en muestras nacionales (campañas fitosanitarias y vigilancia epidemiológica fitosanitaria) e internacionales.
• Estandarización, actualización, armonización y transmisión de protocolos de detección y diagnóstico.
• Elaboración, publicación y difusión de material de referencia fitosanitaria.
• Capacitación y evaluación a terceros especialistas fitosanitarios en materia de diagnóstico fitosanitario.
• Corroboración de resultados de los laboratorios aprobados (laboratorios externos aprobados por el SENASICA para realizar diagnóstico fitosanitario).
• Supervisión de laboratorios aprobados.
• Vinculación con centros y unidades de investigación científica y tecnológica.
• Capacitación técnico-científica a personal de países miembros del Organismo Internacional Regional de Sanidad Agropecuaria (OIRSA).

Para la detección, el diagnóstico y la caracterización de bacterias fitopatógenas se emplean las siguientes técnicas: tradicionales (aislamiento y purificación de la bacteria, pruebas de patogenicidad, caracterización mediante morfología colonial, pruebas bioquímicas y fisiológicas), serológicas (ELISA), moleculares (PCR convencional, Bio-PCR, inmuno-PCR y PCR tiempo real (qPCR)), LAMP (Loop-mediated isothermal amplification), secuenciación (análisis filogenético y metagenómico de comunidades microbianas) y en casos especiales se puede utilizar la microscopía de fluorescencia.

Además, el laboratorio alberga un cepario de bacterias fitopatógenas (164 aislamientos), almacenadas bajo diferentes métodos de preservación, el cual forma parte del material de referencia.